Derde periode Theo Janssen bij Vitesse
De jaren daarop begon de Arnhemmer steeds meer te scoren en in 2006 werd hij onder Aad de Mos zelfs weer opgeroepen voor Oranje en maakte hij ook zijn debuut in het Nederlands elftal. Later dat seizoen raakte hij geblesseerd en ook het seizoen daarop verliep niet vlekkeloos door blessures. Bovendien kwam hij in conflict met De Mos, toen de flamboyante trainer hem onverwacht passeerde. er ontstond bijna een handgemeen en De Mos verwijderde hem uit de selectie, maar de clubleiding draaide dat binnen een week terug. Even later kwam Janssen rond met FC Twente.
Met die club werd hij in 2010 kampioen en in 2001 won Twente de beker, met een hoofdrol voor Theo Janssen die ook werd uitgeroepen tot voetballer van het jaar. Met Ajax werd hij vorig seizoen kampioen, maar dit seizoen dreigde hij op de bank terecht te komen en na een ware transfersoap is hij dus voor de derde keer in zijn carrière Vitessenaar.